Năm 2004, công ty cổ phần Nam Dược được thành lập và hoạt động trong nhiều lĩnh vực kinh doanh. Là đại lý mua bán, ký gửi dược phẩm, mỹ phẩm, thực phẩm; trang thiết bị y tế; tư vấn, đào tạo và dịch vụ chuyển giao công nghệ dược, mỹ phẩm. Ban đầu công ty hoạt động với vốn điều lệ 3 tỷ 5 trăm triệu đồng, với 23 cổ đông.
Đến năm 2006, sau những nỗ lực của đội ngũ nhân viên, công ty khánh thành nhà máy sản xuất dược phẩm theo tiêu chuẩn GMP – WHO, GLP, GSP. Nhà máy tại thành phố Nam Định. Đây là bước ngoặt lớn của công ty, và một trong những nhà máy đầu tiên của miền Bắc được xây dựng theo tiêu chuẩn quốc tế.
Tháng 6 năm 2007, công ty trở thành công ty đại chúng.
Vùng dược liệu trồng dây thìa canh tại Hải Hậu, Nam Định được chứng nhận đạt tiêu chuẩn GACP – WHO của tổ chức y tế thế giới WHO năm 2013. Và đến năm 2017, vùng dược liệu trồng quất của công ty cũng đạt được chứng nhận này. Đến 2018, ở Bắc Hà, Lào Cai có vùng trồng Cát Cánh dược liệu, và vùng trồng đậu nành dược liệu ở Vụ Bản, Nam Định nhận chứng nhận GACP – WHO.
Với sự thành công đó, công ty mở rộng mạng lưới kinh doanh và khánh thành nhiều trụ sở chi nhánh ở cả ba miền đất nước. Ở miền Bắc, trụ sở chính của công ty đặt tại Cầu Giấy, thành phố Hà Nội. Ở miền Trung, 2019 khánh thành trụ sở ở Hải Châu, Đà Nẵng, năm 2021, mở trụ sở chi nhánh ở bắc Miền Trung ở Vinh, Nghệ An. Miền Tây cũng vừa khánh thành trụ sở tại thành phố Cần Thơ. Và công ty mở chi nhánh ở quận 10, thành phố Hồ Chí Minh làm trụ sở miền Nam.